有些材质的塑料不能采用高压灭菌，操作前请确认，灭菌时容器的盖子要松开，以免瓶中压力增大，塑料离心管盖子太紧灭菌后空气骤冷时真空会造成离心管变形。某些成分的溶液高温高压灭菌会造成物质沉淀、变色和分解，灭菌前请确认该溶液的正确除菌方式。

　　使用立式高压灭菌器时需要先将内层灭菌桶取出，再向外层锅内加入适量的水，使水面与三角搁架相平为宜。一般来说每次灭菌前都应该加水。加水不能太少，否则会引起烧干或者爆裂。加水加去离子水或蒸馏水，这样产生的水垢少些，而锅体也不易被腐蚀。

　　放回灭菌器的灭菌桶，并装入待灭菌物品，注意不要装得太挤，以免防碍蒸汽流通而影响灭菌效果。三角烧瓶与试管口端均不要与桶壁接触，以免冷凝水淋湿包口的纸而透入棉塞。加盖，并将盖上的排气软管插入内层灭菌桶的排气槽内。再以两两对称的方式同时旋紧相对的两个螺栓，使螺栓松紧一致，勿使漏气。

　　用电炉或煤气加热，并同时打开排气阀，使水沸腾以排除锅内的冷空气。待冷空气*排尽后，关上排气阀，让锅内的温度随蒸汽压力增加而逐渐上升。当锅内压力升到所需压力时，控制热源，维持压力至所需时间。

　　立式高压灭菌器灭菌所需要的时间到了之后，切断电源或关闭煤气，让灭菌锅内温度自然下降，当压力表的压力降至0时，打开排气阀，旋松螺栓，打开盖子，取出灭菌物品。如果压力未降到0时，打开排气阀，就会因锅内压力突然下降，使容器内的培养基由于内外压力不平衡而冲出烧瓶口或试管口，造成棉塞沾染培养基而发生污染。将取出的灭菌培养基放入37℃温箱培养24小时，经检查若无杂菌生长，即可待用。