消毒和灭菌的概念是不一样的。消毒（disinfection）是指杀灭或消除传播媒介上的病原微生物，使其数量减少到不再能引起人发病，即达到无害化处理的目的，如煮沸、巴氏消毒、紫外线照射等。灭菌（sterilization）是指不仅要杀灭和清除传染性病原微生物，还要杀灭和清除全部微生物（如：细菌芽胞等），包括非致病性微生物，即没有活菌存在，如：高压蒸汽灭菌、环氧已烷灭菌等。
高压蒸汽灭菌器灭菌时间的确定不是一定的，灭菌温度越低,需要的灭菌时间越长；灭菌温度越高,需要的灭菌时间越短；压力蒸汽灭菌的时间，要从灭菌器柜室内达到灭菌要求温度时算起，直至灭菌完成为止。
高压蒸汽灭菌器灭菌时间包括这3类：
1.穿透时间，从锅内达到灭菌温度开始计算时间，到锅内Z难达到的部位也达到此温度的时间;
2.维持时间，即杀灭微生物所需时间，一般以杀灭嗜热脂肪杆菌芽胞所需时间来表示;
3.安全时间，为使灭菌得到确切保证所需增加的时间。一般为热死亡时间的一半，其长短视消毒物品而定。对易导热的金属器材的灭菌，不需要安全时间。在灭菌时间内，要注意压力表，及时间调节进气量，以保持在的压力，维持到灭菌时间为止。在灭菌过程中，如有压力、温度下降，应重新升温升压，重新计时。
1)一般下排气式高压灭菌器所需时间为：115℃需要30分钟、121℃需要15分钟、126℃需要10分钟
2)115℃常用于制药工业上的灭菌。在微生物实验室内，有些含糖培养基亦用115℃30分钟灭菌，因为在更高温度下糖会分解。
3)121℃～126℃常用于医疗卫生和防疫工作中的灭菌。
高压蒸汽灭菌器灭菌时间的概数，1次灭菌中具体使用多少时间，需要根据物品的种类、包装的大小、安放情况和灭菌器的性能来确定。
不能使用高压蒸汽灭菌器对任何有破坏性材料和含碱金属成份的物质进行消毒，否则会导致爆炸、腐蚀内胆和内部管道或破坏垫圈。
1. 爆炸物质：乙二醇二硝酸酯（硝化甘醇），硝化纤维素（硝化纤维素滤器）和所有含硝酸根的酯类。三硝基苯和所有易燃易爆的硝基，过氧乙酸，甲烷基，乙基，甲醇，过氧化氢，过氧化物，苯甲酰，苯甲酰基及有机过氧化物。
2. 可燃性物质：金属锂、钾、钠、黄磷、磷、硫化物、。明胶、碳化钙（电石）、氧化钙（石灰），镁粉，连二亚硫酸钠（保险粉）。
3. 氧化剂：氯化钠，氯化铵和其他氯化物。高氯酸钠和其他高氯化物（粉剂）。硝酸钾，硝酸钠和其他硝酸物。过氧化钾，过氧化钠，过氧化钡和其他无机过氧化物。亚氯酸钠和其他亚氯化物，次氯酸钙和其他次氯酸物。
4. 易燃物质：汽油，乙醛（醋醛），氧化丙稀，环氧丙烷，二硫化碳，和其他燃点在-30℃～0℃间的物质。甲醇，乙醇，二甲苯，苄基，乙酸苄酯，和其他燃点在0℃～30℃之间的物质（醇类）。灯油，火油，异戊醇，乙酸（醋酸），和其他燃点在30℃～65℃之间的类似物质。
5. 易燃的气体：氢气，乙炔，甲烷、乙烷，丙烷，丁烷等其他易燃的气体。
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